Seit Januar 2000 ist Jonathan Nott Chefdirigent der Bamberger Symphoniker – Bayerische Staatsphilharmonie. Bekannt für seine Offenheit gegenüber der Musik der Gegenwart und seine ambitionierten Programme, trat er mit großem Erfolg das künstlerische Erbe seiner Vorgänger am Pult des traditionsreichen Orchesters an. Für sein Wirken in der Domstadt, das auf zahlreichen CDs dokumentiert ist, erfährt der Brite national und international höchste Wertschätzung: Im Juli 2011 erhielt er den Bayerischen Verdienstorden. Gemeinsam mit „seinem“ Orchester, den Bamberger Symphonikern, gastierte er in den vergangenen Jahren bei den bedeutenden Musikfestivals in Edinburgh, Salzburg, St. Petersburg und Luzern, wo er im Sommer 2013 Richard Wagners „Ring des Nibelungen” konzertant aufführte. Hinzu kommen Tourneen nach Japan, China, Südamerika, in die USA und durch ganz Europa. Einer der Höhepunkte der gemeinsamen künstlerischen Arbeit war im Sommer 2007 das Konzert zu Ehren von Papst Benedikt XVI. in der Päpstlichen Sommerresidenz Castel Gandolfo anlässlich des Jubiläums „1000 Jahre Bistum Bamberg“. Im Oktober 2011 stand Jonathan Nott in einem Sonderkonzert in Bamberg zum 500. Mal am Pult „seines“ Orchesters. Seinen Vertrag hat er bis 2016 verlängert, schon jetzt kann er auf die zweitlängste Amtszeit in der Geschichte der Bamberger Symphoniker – Bayerische Staatsphilharmonie blicken.

Jonathan Nott war nach seinen ersten Engagements an der Oper Frankfurt und dem Hessischen Staatstheater Wiesbaden von 1997 bis 2002 Chef des Luzerner Sinfonieorchesters, von 2000 bis 2003 hatte er die musikalische Leitung des Ensemble Intercontemporain in Paris inne, das als eines der wichtigsten Ensembles für Neue Musik gilt. Als Gastdirigent arbeitete er mit nahezu allen großen Symphonieorchestern Europas und der USA zusammen, darunter die Wiener Philharmoniker, das New York Philharmonic, das Chicago Symphony Orchestra, das Koninklijk Concertgebouworkest Amsterdam, das Tonhalle-Orchester Zürich, das Deutsche Symphonie-Orchester Berlin oder das NDR Sinfonieorchester Hamburg, dazu das NHK Symphony Orchestra Tokyo oder das China Philharmonic Beijing. Seit der Saison 2014/2015 ist Jonathan Nott zudem Erster Dirigent und Künstlerischer Berater der Jungen Deutschen Philharmonie sowie Music Director des Tokyo Symphony Orchestra.

Mit den Berliner Philharmonikern spielte er sämtliche Orchesterwerke György Ligetis auf CD ein. Mit den Bamberger Symphonikern nahm er sämtliche Symphonien von Franz Schubert auf und vollendete im Jahr 2013 den CD-Zyklus sämtlicher Symphonien von Gustav Mahler – eine Gesamteinspielung, deren einzelne Aufnahmen über die Jahre hinweg immer wieder mit renommierten Preisen ausgezeichnet wurden wie dem MIDEM Classical Award oder dem Internationalen Schallplattenpreis Toblacher Komponierhäuschen.